הרודיון תוארה היטב על ידי ההיסטוריון, בן המאה ה-1 לסה"נ, יוסף בן מתתיהו, אשר הכיר את האתר שבנה הורדוס, ואף ליקט ממקורות אחרים. וכך כותב יוספוס:
"…לאחר שהציב זכר עולם לבני משפחתו ולידידיו, פנה הורדוס לשַמר גם את זכרו שלו […] במרחק שישים ריס מירושלים בנה תל, מעשה ידי אדם, שצורתו צורת שַד, וקרא לו בשם זה [הרודיון], אך עיטר אותו ביתר פאר. את ראש התל הקיף מגדלים עגולים, ועל השטח המוקף מגדלים אלה בנה ארמון מפואר מאוד…" (יוסף בן מתתיהו, מלחמת היהודים, א 419–420. תרגום ליזה אולמן).
הורדוס הקים את המקום בעשור השלישי לפנה"ס, כאתר זיכרון לאירועים שהתרחשו במקום לקראת עלייתו לשלטון בשנת 40 לפנה"ס, וכמקום קבורה והנצחה. הוא הקים במקום מכלול ארמונות ענק (הגדול בעולם הרומי של אותם הימים), המשלב אף מרכז מנהלי ומבצר.
לאחר מותו של הורדוס בשנת 4 לפנה"ס נכלל הרודיון בתחום ממלכתו של בנו אריכלאוס, ששלט כעשר שנים. הנציבים הרומאים החזיקו במקום מאז ועד פרוץ המרד הראשון.
יוסף בן מתתיהו מהווה אף מקור היסטורי עיקרי לקורותיה של הרודיון בימי המרד הגדול, אז העבר שהה יוספוס באזור. במרד זה, שפרץ בשנת 66 לסה"נ, התבצרו המורדים בהרודיון עד שהכניעו אותם הרומאים בשנת 71 לסה"נ.
במהלך מרד בר כוכבא (שנים 132–135/6 לסה"נ) שימש ארמון מבצר ההר מרכז חשוב של המורדים. עדויות לפעילות אנשיו של בר-כוכבא בהרודיון נמצאו בחפירות האתר וכן בתעודות שנמצאו במערות מורבע'את שבמדבר יהודה.
בתקופה הביזנטית (מהמאה הרביעית עד המאה השביעית לסה"נ) נבנה בהרודיון תחתית, על שרידי המבנים מימי הורדוס, כפר גדול ובו שלוש כנסיות. על חורבות ארמון מבצר ההר הוקם אז מנזר קטן ומבנה תפילה קטן (קפֵּלָה). כפי הנראה המשיך היישוב בהרודיון תחתית להתקיים עד המאה התשיעית לסה"נ. מאז עמדה הרודיון בשיממונה, עד ראשיתן של החפירות הארכאולוגיות.