תולדות מחקר האתר
צורתו הייחודית של ההר וקירבתו לירושלים ולבית לחם הביאה לכך שמשך אליו עולי רגל עוד בימי הביניים. במאה הט"ו כינה הנוסע האיטלקי פליקס פברי את ההר בשם 'הר הפרנקים' בהתייחסו לאותו המקום שבו, לפי סברתו, נערכו הצלבנים לקרב נגד צבאות צלאח א-דין לאחר מפלת ירושלים. בשם זה נקרא האתר עד המאה הי"ט.
מחקר ראשוני במקום נעשה עוד במאות הי"ח והי"ט בידי נוסעים וחוקרים ראשונים של ארץ ישראל. השרטוט הראשון של הרודיון נעשה בידי א' פוקוק לאחר שביקר במקום ב 1743. בשנת 1838 תיאר אדוארד רובינסון את האתר ומבניו ותיארכם לתקופה הרומית. הוא היה הראשון שעמד על הדמיון בינם לבין תיאורו של יוסף בן-מתתיהו ולמעשה היה הראשון שזיהה את המקום כהרודיון. ב 1863 תיעד הנוסע והחוקר הצרפתי פ' דה-סוסי את האתר ואף רשם ושירטט מבנים המצויים בהרודיון תחתית, לרבות הבריכה, וב 1869 תיאר ו' גרין במדויק את החומה והמגדלים של מבצר ההר.
קונרד שיק, האדריכל והארכיאולוג הגרמני שחי בארץ-ישראל בסוף המאה הי"ט היה הראשון שהבחין שהבניין העגול נבנה על גבי הגבעה, כפי שהייתה, ורק לאחר מכן הוקף מילוי מלאכותי. תיאורו המפורט משנת 1879 אשר כלל גם תוכניות וחתכים, נחשב לתיאור המלא ביותר של הרודיון עד לחפירות החדשות באתר.
ב1881, במסגרת סקר ה PEF הכינו צ' קונדר וה"ה קיצ'נר תוכנית מדויקת של מבצר ההר.
הראשון שניהל חפירות מסודרות באתר היה האב וירג'יליו קורבו מבית הספר הפרנציסקאני למקרא בירושלים, אשר בין השנים 1962 – 1967 חפר וחשף חלקים גדולים מארמון מבצר ההר – מימי הורדוס, מן התקופה של המרד הגדול ומרד בר-כוכבא ומהתקופה הביזנטית.
בשנים 1967 – 1970 נערכו באתר עבודות שימור ושיחזור על-ידי רשות הגנים הלאומיים בראשותו של גדעון פרסטר. במסגרת זו נחשפו חדר הכניסה לארמון וכן רשת מסועפת של בורות מים ומנהרות שנחפרו במעבה ההר החל מימי הורדוס וכלה בימי מרד בר-כוכבא. חפירות נוספות במערכת בורות המים והמנהרות המצויות בתוך ההר ביצעו שמעון ארזי ואהוד נצר בשנים 1975-1973.
חפירות בקנה מידה נרחב, לרבות בהרודיון תחתית, החלו באתר בשנת 1972, בניהולו של פרופ' אהוד נצר ז"ל ומטעם המכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים.
בשנת 2007 חשפה המשלחת בראשות פרופ' נצר וצוותו (רועי פורת, יעקב קלמן ורחל צ'אצ'י – לוריס) על מדרון ההר הצפוני את שרידיו של מונומנט קבורה גדול ומרשים ובמפולותיו שלושה ארונות קבורה מפוארים. מאוחר יותר נחשפו במדרון ההר תיאטרון מלכותי ומבנים נוספים.
משלחת החפירות ממשיכה את חפירת הרודיון וחקירתו גם לאחר פטירתו בטרם עת של פרופ' אהוד נצר בשנת 2010 לאחר שמעד באתר בעת עבודתו בתיאטרון.