המשלחת לחקר הרודיון (ע"ש אהוד נצר) עוסקת מיום הקמתה במחקר הארכיאולוגי וההיסטורי של הרודיון ושל האדריכלות ההרודיאנית. המחקר הארכיאולוגי כולל ניתוח אדריכלי, סטרטיגרפי ואומנותי של המבנים, וכן עיבוד ומחקר כלל הממצאים שמתגלים במהלך החפירות באתר. כמו כן מבצעת המשלחת, יחדיו עם חוקרים שונים, מחקרים נילווים הקשורים לאתר ולממצאים בו, כגון מחקר ומיפוי גיאולוגי, מחקרים בוטאניים, מחקרים הנוגעים לתקופת מרידות היהודים ולתקופה הביזנטית בהרודיון, וכדו'.
החפירות הארכיאולוגיות של המשלחת מתמקדות בשנים האחרונות במדרון הצפוני של הר הרודיון ובארמון-מבצר ההר. במדרון נמשך מחקר קבר הורדוס, התיאטרון המלכותי, והמבנים שנחשפו ממערב לו, וכן מחקר גרמי המדרגות המונומנטאליים שעלו לראש ההר. בראש ההר מתמקדת המשלחת בחפירות באזור פרוזדור הכניסה הראשי אל הארמון המבוצר.
תוצאות המחקרים פורסמו ומפורסמים ע"י המשלחת, בבמות שונות -באופן מדעי וחצי-מדעי, לקהיליית החוקרים ולקהל הרחב (למאמרים של המשלחת/ לפרסומים שונים בתקשורת).
בימים אלו עוסקת המשלחת במפעל הפרסום של כרכי הדו"חות המדעיים הסופיים של הממצאים שנחשפו בהרודיון מראשית עבודת המשלחת באתר.