ימי הורדוס
הורדוס מלך יהודה, החזיק בכס השלטון כ-33 שנה עד למותו ממחלה קשה בשנת 4 לפני הספירה. הורדוס נולד בשנת 73 לפני הספירה לאביו אנטיפטרוס, בן למשפחה אדומית מיוחסת שגוירה והשתלבה במערכת המנהלית של בית חשמונאי, ולאימו קיפרוס, נסיכה נבטית. בצעירותו מונה הורדוס למושל הגליל ולימים הוכתר בידי הרומאים כמלך יהודה (40 לפנה”ס),דבר אשר הביא לסיום כהונתה של השושלת החשמונאית.
התקופה בין מות הורדוס לימי המרד הגדול
המידע על הפעילות בהרודיון בתקופה הנדונה מוגבל מאוד, זאת מכיוון שכנראה לא הוקמו בתקופה זו מבנים משמעותיים, ואפשר שהנוכחות במקום הייתה מוגבלת. עם זאת יש להניח שמכלול הארמונות של הרודיון הוסיף לשמש את יורשיו של הורדוס ואת הנציבים הרומים ביהודה, ובמקורות בני התקופה מופיע עדיין הרודיון כמרכז מנהלי אזורי.
המרד הגדול ברומאים
ארמון־מבצר ההר בהרודיון, שנבנה על ידי הורדוס, המשיך לתפקד בימי יורשיו והנציבים הרומאיים ביהודה עד שנכבש על ידי הלוחמים היהודיים בראשית המרד הראשון (כפי הנראה בשנת 66 לסה"נ). במהלך מרד זה ישבו בהרודיון יהודים 'אדומיים' תושבי 'דרומא' (מחוז אדומיאה), וככל הנראה, גם קבוצה נוספת של קנאים או סיקריים, בני בריתו של שמעון בר גיורא (מלחמות ד', 537-514).
ימי בר כוכבא
ברובה של התקופה שלאחר המרד הראשון נותר האתר נטוש לפרק זמן של כ 60- שנה, כפי הנראה פרט לתקופות קצרות בהן ישב חיל מצב רומי במבנה שבראש ההר. במרד בר כוכבא (132 – 135 לספירה) השתלטו המורדים על ארמון־מבצר ההר, שעמד כנראה נטוש והרוס בחלקו.
התקופה הביזנטית
התקופה הביזנטית בארץ ישראל,החל משלהי המאה הרביעית לספירה ועד לכיבוש הערבי במחצית המאה השביעית,ידועה כתקופה של פריחה יישובית . בתקופה זו נבנו ברחבי הארץ ובמדבר יהודה מנזרים רבים וכנסיות . ארמון-מבצר ההר ובעיקר הרודיון התחתית, היוו תשתית מצוינת להתיישבות ושרידים רבים מתקופה זו נחשפו באתר. התושבים החדשים פינו מבנים רבים מן ההריסות והתיישבו בתוכם וגם בנו בניינים חדשים רבים.